줄거리 [Story]

울창한 숲으로 둘러싸인 밤의 여왕의 왕국이다. 막이 오름과 동시에 타미노가 커다란 뱀에 쫓겨 뛰어오다가 도와달라는 외침과 함께 바닥에 쓰러진다. 이 때 궁전의 문이 열리고 배일을 쓴 세 명의 시녀가 나타나 마술을 부려 뱀을 죽이고는, 기절해 있는 타미노를 보고 그의 수려한 용모에 감탄한다. 서로 그의 용모를 찬미하며 바라보는데, 멀리서 파파게노의 피리소리가 들려온다. 그녀들은 이 사건을 여왕에게 보고하기 위하여 모두 그 자리를 떠난다. 밤의 여왕의 세 시녀의 도움으로 목숨을 건진 타미노 왕자는 새 장수 파파게노와 함께 도승 자라스트로에게 붙잡혀 있는 밤의 여왕 딸 파미나를 구하기 위해 마술 피리와 은 종을 가지고 자라스트로의 사원으로 간다.
사원에서 승려들을 만나 자라스트로가 잔악한 폭군이 아닌 고귀한 성직자로 악과 어둠의 세계를 지배하는 밤의 여왕으로부터 청순한 딸을 보호하고 있다는 사실을 알게 된다. 타미노와 파미나 두 젊은이의 사랑은 많은 고통과 시련을 참아 내야 사랑이 맺어지는 우면 인지라 두 사람은 힘든 시련을 극복 하고 마침내 사랑의 승리를 얻는다. 한편 새잡이 파파게노도 그에겐 천생연분인 파파게나를 아내로 얻게 된다. 그 뒤 밤의 여왕이 복수를 꾀하지만 이는 물론 실패로 돌아가고, 파미나를 탐냈던 검둥이 악당 모노스타토스와 더불어 지옥에 떨어짐으로써 행복한 결말을 맺게 된다.